国税发[2006]56号在“四、需要明确的有关项目的计算口径”第五条明确：
查补的应纳税所得额，应并入所属年度的应纳税所得中，按税法规定计算应补税额，但不得弥补以前年度亏损，不得作为计算公益、救济性捐赠税前扣除的基数。
看了后总觉得这规定似曾相识，查了查，原来国税发[1997]191号《国家税务总局关于企业所得税若干业务问题的通知》对此早就有过明确：
一、关于纳税检查中查出问题的处理
　　(一)对纳税人查增的所得额，应先予以补缴税款，再按税收征管法的规定给以处罚。其查增的所得额部分不得用于弥补以前年度的亏损。
　　(二)在减免税期间查出的问题，属于盈利年度查增所得额部分，对减税企业、单位要按规定补税、罚款，对免税企业、单位可只作罚款处理；属于亏损年度多报亏损的部分，应依照关于纳税人虚报亏损的有关规定进行处理。
　　(三)税务机关查增的所得额不得作为计算公益性、救济性捐赠的基数。

税法早就明确了的问题，不知56号文有什么必要再重申，留点空间明确其他需要说明的问题不好嘛。